COVID-19是新興傳染病，台灣109年1月以「嚴重特殊傳染性肺炎」之名列入第五類法定傳染病，成立中央流行疫情指揮中心，採行一系列措施直到疫情退散，今年5月1日起改為第四類傳染病，指揮中心同步解編，任務告一段落。
以下是COVID-19（2019冠狀病毒疾病）列為第五類法定傳染病期間的重要防疫政策。
–109.01.05 確定病例定義及通報個案處理流程，當時是台灣各界多以「武漢肺炎」稱呼。
–109.01.15 「嚴重特殊傳染性肺炎」列為台灣第五類法定傳染病。
–109.01.20 台灣成立「嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心」，三級開設。
–109.01.21 確診首例武漢肺炎病例（境外移入），個案為台商。
–109.01.23 中央流行疫情指揮中心提升至二級開設，由時任衛生福利部部長的陳時中擔任指揮官。
–109.01.24 旅行業暫停接待中國觀光團，暫停旅行業組團前往中國（不含港澳）。
–109.02.03 武漢撤僑包機首班返台，後續發生尚未入 籍台灣的陸配子女（小明）滯留中國的事件。
–109.02.06 口罩販售實名制上路，紓解排隊人潮。
–109.02.08 寶瓶星號郵輪返抵基隆，登船檢疫，128名旅客採檢陰性返家自主健康管理14天，當時國際郵輪群聚頻傳。
–109.02.10 暫停小三通。
–109.02.27 中央流行疫情指揮中心提升為一級開設，繼續由時任衛福部長的陳時中擔任指揮官。
–109.03.10 發布「嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例」及相關授權規範，為期至112年6月底。
–109.03.19 暫請旅行業組團赴國外旅遊及接待來台旅行團入境，即「禁團令」。
–109.03.21 全球旅遊疫情建議等級升至第三級警告（Warning），自國外入境需進行14天居家檢疫及7天自主健康管理，「14+7」再次重創跨境旅遊。
–109.03.21 受理受隔離或檢疫者防疫補償申請。
–109.04.09 海軍敦睦艦隊發生群聚感染。
–109.05.08 公布「防疫新生活運動」4大要點，包括保持社交距離、量體溫、戴口罩、實名制等。
–109.12.01 啟動「秋冬防疫專案」，要求入境及轉機旅客登機前須附3日內COVID-19核酸檢驗陰性報告。
–109.12.30 洽購近2000萬劑COVID-19疫苗。
–110.01.11 衛福部桃園醫院首名指標個案醫師確診，本土群聚感染合計醫護、病人、家屬、看護共21人。
–110.02.10 與美國莫德納公司簽署505萬劑COVID-19疫苗供應合約。
–110.03.05 首批AZ的COVID-19疫苗抵台，隨後取得緊急使用授權（EUA）。
–110.03.22 正式展開COVID-19公費疫苗接種。
–110.04.20 華航諾富特群聚事件指標個案現蹤，機師及防疫旅館人員群聚，敲響國門防線警鐘。
–110.05.09 萬華茶室及宜蘭電子遊藝場群聚，疫情進入社區擴散。
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–110.05.11 提升全國疫情警戒至第二級。
–110.05.15 提升雙北地區疫情警戒至第三級。
–110.05.19 提升全國疫情警戒至第三級。
–110.05.28 莫德納首批疫苗抵台。
–110.06.04 日本提供124萬劑AZ的COVID-19疫苗抵台。
–110.06.20 美國捐贈250萬劑莫德納COVID-19疫苗抵台。
–110.07.19 衛福部核准高端疫苗專案製造。
–110.07.27 調降疫情警戒標準至第二級。
–110.07.31 立陶宛政府捐贈2萬劑AZ的COVID-19疫苗抵台。
–110.08.29 捷克政府提供3萬劑莫德納COVID-19疫苗抵台。
–110.09.02 台積電、鴻海永齡、慈濟共同捐贈1500萬劑BNT疫苗第一批疫苗抵台。
–110.09.05 波蘭政府提供40萬劑AZ疫苗抵台。
–110.09.26 斯洛伐克政府提供16萬劑AZ疫苗抵台。
–110.10.27 台灣COVID-19疫苗接種人口涵蓋率第1劑已達70%、第2劑已達30%。
–111.04.11 確診者居家照護上路，紓解醫院負荷。
–111.04.28 病例日增破萬，核酸檢驗PCR塞車，抗原快篩需求暴量，快篩試劑購買實名制上路。
–111.05.26 快篩陽性經醫師判斷視同確診，配套措施包括視訊看診、藥師送藥等。
–111.07.18 衛福部政務次長王必勝接任指揮官。
–111.10.13 重啟國門，取消入境居家檢疫，改採「0+N」天自主健管理，航空旅遊業大利多，帶動出國旅遊。
–112.01.06 自中國啟程經港澳轉機抵台旅客入境檢疫措施。
–112.02.07 取消自中國來台旅客機場、港口唾液PCR採檢措施。
–112.02.20 室內戴口罩規定放寬。
–112.03.06 校園口罩令鬆綁、全民COVID-19疫苗接種運動「疫苗加一，解封安心」。
–112.03.20 輕症免通報、免隔離，保險業者宣布「防疫險」不予理賠，為產險業慘賠防疫保單止血。
–112.04.10 調整住院病人及陪病者篩檢，有症狀才篩檢。
–112.04.17 搭乘公共運輸不強制戴口罩。
–112.05.01 COVID-19從第五類法定傳染病改為第四類，嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心同步解編。
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